In data 9 gennaio 1990, anniversario della nascita del Venerabile Servo di Dio Josemaría Escrivá, Fondatore dell'Opus Dei, la Congregazione dei Seminari e degli Istituti di Studi ha proceduto all'erezione dell'Ateneo Romano della Santa Croce .

Già nell'anno accademico 1984-85 avevano preso l'avvio a Roma, con l'approvazione della Santa Sede (Decreto Dei Servus del 9-I-1985, della Congregazione per l'Educazione Cattolica), le attività di due sezioni delle Facoltà di Teologia e di Diritto Canonico dell'Università di Navarra, che impartivano i corsi di Licenza e Dottorato. Nel 1988 si era aggiunto un Dipartimento di Filosofia. Con la denominazione di Centro Accademico Romano della Santa Croce, l'Istituzione aveva sperimentato una crescita costante: all'inizio del presente anno accademico contava cinquanta professori stabili e duecentocinquanta alunni di trentuno nazionalità. Come frutto del lavoro di ricerca di questi anni, la Facoltà di Teologia ha pubblicato le prime tre annate della rivista Annales Theologici, e quella di Diritto Canonico i primi due numeri di Ius Ecclesiae.

Con il recente Decreto, l'Ateneo Romano della Santa Croce è stato costituito nelle due Facoltà complete di Teologia e di Filosofia, mentre la Sezione Romana della Facoltà di Diritto Canonico continua a dipendere dall'Università di Navarra. Pertanto dal prossimo anno accademico le due nuove Facoltà offriranno, accanto agli studi di Licenza e di Dottorato, anche i corrispondenti corsi per il conseguimento del Baccellierato in Teologia o in Filosofia. Il Prelato dell'Opus Dei, Mons. Alvaro del Portillo, nominato dal Decreto di erezione Gran Cancelliere dell'Ateneo, ha a sua volta designato quale Rettore il Rev.mo Prof. Ignacio Carrasco, Ordinario di Teologia Morale.

Unito alla nuova istituzione accademica è l'Istituto Superiore di Scienze Religiose Ut unum sint, che offre corsi di Teologia per corrispondenza ed è autorizzato al rilascio del titolo di insegnante di religione nelle Scuole Medie Superiori italiane. Attualmente vi studiano oltre milleduecento alunni, seguiti attraverso tredici sezioni in diverse città della Penisola.